PayPay銀行の他行あて振込手数料は145円、ATM入出金手数料は165円（入出金共通）。振込手数料は業界最安水準に近く低コストです。
また、ATM利用手数料は月1回無料で、利用金額3万円以上の場合は回数制限なく無料で利用できます。

PayPay銀行では法人口座に便利な振込機能、一括入力振込や総合振込を備えており複数の取引先への振込手続きを効率化できます。総合振込では最大3万件の一括振込に対応していますが月額費用がかかります（税込1,100円）。
また、定額自動振込ができ毎月定額の振込なら自動で振込可能。サービス利用料は無料です。

PayPay銀行にはユーザー管理機能があり、複数ユーザーでの利用もスムーズです。最大20ユーザーまで発行でき、管理者、承認者、作成者という権限が異なる3つの区分に登録することで権限を管理できます。

PayPay銀行では、Pay-easy（ペイジー）を利用して税金、社会保険料等を支払えます。支払方法は、ダイレクト方式、インターネットバンキングからの支払い、収納機関のWebサイトからの支払い等に対応しています。

PayPay銀行のビジネスデビットカードは、年会費無料ですが通常の即時払いの場合は還元がありません。
ビジネスデビットカードにはクレジットカードのような「翌月払い」というサービスがあり、翌月払いの利用であれば利用額の0.5%がキャッシュバックされます。即時払いでは審査なしで利用できますが、翌月払いの利用には審査が必要です。

PayPay銀行は、固定電話ではなく携帯電話でも口座開設を申し込めます。また、バーチャルオフィスについて公式サイトに申込不可等の記載はありません。