GMOあおぞらネット銀行の他行あて振込手数料は143円、ATM入出金手数料は110円（入出金共通）と業界最安です。
また、他行あて振込手数料では「振込料金とくとく会員」という月額500円の有料サービスがあり、会員になると振込手数料が129円と通常よりも14円割安になります。振込回数が月32回以上ある場合は会員になった方がおトクです。

GMOあおぞらネット銀行では振込関連サービスが充実しています。
一般的な総合振込では明細が1件に集約されてしまう点がデメリットですが、GMOあおぞらネット銀行では総合振込と類似した「一括振込」というサービスがあり明細を1件ずつ表示できます。全銀フォーマット等に対応しており1回で999件までの振込が可能です。
また、定額自動振込ができ毎月定額の振込なら自動で振込可能。サービス利用料は無料です。
少し細かな機能ですが、振込登録先をグループ管理できるため通常振込の際に振込先が探しやすいというメリットもあります。

GMOあおぞらネット銀行には「ビジネスID管理」というユーザー管理機能があり、複数ユーザーでの利用もスムーズです。取引責任者とは別に、最大100名までユーザーを追加可能。振込や残高照会などの取引・サービスについて操作・承認の権限を設定したグループを作成し、追加したユーザーをグループに登録することでユーザーごとの権限管理ができます。

GMOあおぞらネット銀行では、Pay-easy（ペイジー）を利用して税金、社会保険料等を支払えます。支払方法は、ダイレクト方式、インターネットバンキングからの支払い、収納機関のWebサイトからの支払いの3つが用意されています。
また、日本政策金融公庫の毎月の融資金の返済口座に対応しています。

GMOあおぞらネット銀行のビジネスデビットカードは、年会費無料で利用額の1.0%がキャッシュバックされますのでお得に支払いできます。デビットカードは20枚まで発行可能です。
また、社員の経費精算に便利なサブカードというデビット支払専用カードもあり、こちらの発行上限は9,998枚。プラスチックカード（発行手数料税込1,100円）の他、カードレス（発行手数料無料）もあります。

GMOあおぞらネット銀行の法人口座開設は、携帯電話でも申込可能。また、公式サイトのFAQには「バーチャルオフィスでも口座開設可能」と明記されています。